超高效液相色谱系统可用于环境样品中高沸点不易挥发、受热不稳定易分解、高分子量、不同极性有机化合物的定性与定量分析；用于环境污染事件中的应急检测；用于合成、天然高分子化合物的分析；用于生物活性物质和多种天然产物的检测。
应用：
超高效液相色谱仪主要应用于
1.药物分析如天然产物中复杂组分的分析
2.生化分析如蛋白质、多肽、代谢组学等生化样品
3.食品分析如食品中农药残留的检测
4.环境分析如水中微囊藻毒素的检测
5.其他如化妆品中违禁品的检测
超高效液相色谱仪尤其对中药研究领域的发展是一个极大的促进。中药的组分复杂，分离困难等问题都可以通过超高效液相色谱法逐渐解决。在同样条件下，UPLC能分离的色谱峰比HPLC多出一倍还多。在同样条件下，UPLC的分辨率能够认出更多的色谱峰。
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